|
::Publications::
Please refer to the official website for the latest publications check
here!
Papers
Andersen, E.S., Rosenblad, M.A., Larsen,
N., Westergaard, J.C., Burks, J., Wower, I.K., Wower, J., Gorodkin,
J., Samuelsson, T., Zwieb, C. 2006, 'The tmRDB and SRPDB resources',
Nucleic Acids Res., vol. 34(Database issue), pp. D163-8. [Pubmed]
Andersen ES, Contera SA, Knudsen B,
Damgaard CK, Besenbacher F, Kjems J. 2004. Role of the Trans-activation
Response Element in Dimerization of HIV-1 RNA. J Biol Chem
279:22243-22249. [Pubmed]
Knudsen, B., Andersen, E.S., Damgaard,
C.K., Kjems, J. and Gorodkin, J. (2004) Evolutionary rate variation
and RNA secondary structure prediction. Computational Biology
and Chemistry. Volume 28, Issue 3 , July 2004, Pages 219-2.
[Pubmed]
Jakobsen, M.R., Damgaard, C.K., Andersen, E.S.,
Podhajska, A. and Kjems, J. (2004) A genomic selection strategy
to identify accessible and dimerization blocking targets in the
5'-UTR of HIV-1 RNA. Nucleic Acids Res, 32, e67. [Pubmed]
Damgaard, C. K.*, Andersen, E.S.*,
Knudsen, B., Gorodkin, J., Kjems, J. RNA interactions in the
5'-region of the HIV-1 genome. J Mol Biol 336:307-568.[Pubmed]
Andersen, E.S., Jeeninga, R.E., Damgaard,
C.K., Berkhout, B, Kjems, J. (2003) Characterization of heterodimerization
and RT template switching between different subgroups of HIV-1.
J. Virol. 77:3020-3030. [PubMed]
[full-text]
[cited]
* indicate coautorship
Theses
Andersen ES. (2006) "The Structure, Function and Evolution
of HIV-1 RNA". PhD Thesis. Department
of Molecular Biology and Interdisciplinary Nanoscience Center,
University of Aarhus: 1-163.
Andersen ES. (2005) "New methods for investiigating
RNA structure, function and evolution". Progress Report.
Department of Molecular Biology and Interdisciplinary Nanoscience
Center, University of Aarhus: 1-31.
Andersen ES. (2002) "Intersubtype dimerization and recombination
of HIV-1 genomic RNA". Masters Thesis, Department of Molecular
Biology, University of Aarhus: 1-86.
Reports
200412 Andersen ES. "RNA structure prediction: Data annotation,
formatting and visualisation". Biolinux course, KVL.
Databases
2002 Andersen, E. S., Knudsen, B., Gorodkin, J., and Kjems,
J. HIV-1 RNA structure database.
(available upon request)
2002 Andersen, E. S., Jeeninga, R. E., Damgaard, C. K., Berkhout,
B., and Kjems, J. Sequence submission of HIV-1 subtypes A, C1,
C2, D, E, F, G, G'' to GenBank. Accession numbers: AY118154, AY118155, AY118156, AY118157, AY118158, AY118159, AY118160, AY118161.
2002 Andersen, E. S., Jeeninga, R. E., Damgaard, C. K., Berkhout,
B., and Kjems, J. Submission of sequence alignment of HIV-1 subtypes
A, C1, C2, D, E, F, G, G'' to EMBL. (available
upon request)
Posters
2005 Andersen ES, Contera SA, Besenbacher
F, Kjems J. 3rd annual iNANO meeting.
2004 Thomsen AH, Kristensen S, Andersen ES, Kjems J, Sestoft
P, Gorodkin J. Biokemidag, KVL, København.
2004 Andersen ES, Contera SA, Besenbacher
F, Kjems J. iNANO Autumn School, Fuglsoe.
2004 Andersen ES, Contera SA, Knudsen B, Besenbacher F, Kjems
J. RNA 2004, Madison.
2004 Andersen ES, Contera SA, Knudsen B, Besenbacher
F, Kjems J. 2nd annual iNANO meeting (award winning poster).
2003 Andersen et al. 1st annual iNANO meeting
(award winning poster).
2002 Knudsen B, Andersen ES, Kjems J, Gorodkin J.
2001 Andersen ES. "Comparison
of structure, dimerization and template switching capacities
in 5'-UTR of 7 different subtypes". Retroviruses 2001,
Cold Spring Harbor Laboratory, New York, USA.
2000 Andersen ES. "Dimerization
and recombination of HIV-1 subtypes". The Uppsala BMC
Summer Program 2000: Workshop on Chemical Biology, Sandhamn,
Sweden.
Abstracts for meetings
20050527 Andersen ES, Contera SA, Pallesen J, Pedersen JS,
Besenbacher F, Kjems J. "Title to be announced".
RNA 2005, Banff, Canada.
2004 Andersen ES, Kjems J. "Second function
of TAR?", RNA 2004, Madison, USA.
20040318 Andersen ES. Group meeting at Ben
Berkhout, AMC, University of Amsterdam.
200309 Andersen ES. "Probing structure,
function and evolution of HIV-1 RNA" Seminar at Ecole
Normale Superieure de Lyon, Laboratories de Biologie et Virologie,
Lyon, France.
Popular science writings
- Andersen, E.S., Kjems, J. 2006, 'Virus er naturens selviske
nanorobotter', in Petersen, A.-L.S., Besenbacher, F. (eds),
Nanoteknologi, Aarhus Universitet, pp. 42-45.
- 200504 Andersen ES."Hiv's hemmelige
sexliv", Jyllandsposten, Indblik, Søndag den 17.
april 2005, s 10.
- 200412 Andersen ES."HIVs hemmelige
sexliv", Aktuel Naturvidenskab, Nr. 6, s. 7-9.
- 200412 Andersen ES, Kjems J, Tolstrup P,
Besenbacher F. "Case study: HIVs hemmelige sexliv",
Biozoom, Nr. 4, Årgang 7, s. 23-25.
- 20040510 Anmeldelse af Lone Franks "Det nye liv",
Delfinen [pdf] [DK text]
- 20021119 Kapitler i livets bog, Information [Informations
arkiv] [kommenteret
udgave]
- 20021104 Niles Eldredge - palæontologi og evolutionsteori,
Pioneers in Biology 2002 [pdf]
[DK text] [UK
text]
- 20021104 Evolutionsteori til debat, Delfinen nr. 96 [DK
text]
- 2000 Naturvidenskab i økonomisk uvejr, Delfinen nr.
69
- 1999 Guruen & topoptimisten, Delfinen nr. 64
- 1999 De videnskabelige junglelove, Delfinen nr. 54
- 1998 Intergalaktiske elefanter, Delfinen nr. 54
- 1997 Endnu et humanistisk kølleslag, Delfinen nr.
53
- 1997 En lang debatdag om Studium Generale, Delfinen nr. 53
- 1996 Genteknologi og kvantemekanik, Delfinen nr. 51
- 1995 Forening skaber interesse for de hårde videnskaber,
Delfinen nr. 49
Illustrations
- Eberle, A.; Stalder, L.; Mühlemann, O., "Quality
Control of Gene Expression". BIOforum Europe 2007, 3,
(Illustration: Andersen, E. S.).
- Brunak, S. 2006, 'Virtuelle immunsystemer', Aktuel Naturvidenskab,
no. 1, pp. 20-23.
- Kjaer, C.R., Dahlgaard, J. 2006, 'De største naturvidenskabelige
erkendelser', Aktuel Naturvidenskab, no. 3, pp. 4-5.
- Fredslund, J. 2005, 'Superjordnøddernes hemmelighed',
Aktuel Naturvidenskab, no. 6, pp. 12-15.
- Kaufmann, I., Keiding,
S.R. 2005, Viden om vand, Aarhus Universitetsforlag, Aarhus.
- Andersen,
E.S. 2005, 'Hiv′s hemmelige sexliv', Jyllandsposten,
17/04/2004, Indblik, p. 10.
- Jyllandsposten, Kloning og genterapi [image]
- Tegning til pressemeddelelse, Torben Heick Jensen [image]
[link]
- Aktuel Naturvidenskab, "Hjernernes kamp" [image]
- Biozoom, Nr. 2, 2004, Årgang 7 Sand-Jensen et al. "Ud
af osteklokken", [image]
- Master Thesis AK Bondes [image]
- Aktuel Naturvidenskab, Nr. 2, 2004. Schrøder, H., "Værdikampen
og naturvidenskaberne" [image]
- Aktuel Naturvidenskab, Kristensen DM, "Prometheus og
de forbudte stamceller - drømmen om regenerativ terapi"
[image]
- Aktuel Naturvidenskab, Nr. 2, 2004, Richardson K. og Grønkjær
P., "Dansk fiskeri – i klemme mellem klima og kvoter",
[image]
- Stenomusen, Nr. 25 marts 2004. Larsen, R. S. "Mindre
end mikro". . [image]
- LMFK-bladet, Nr. 3 marts 2004. Larsen, R. S. "Nanoteknologi
- det 21. århundredes videnskab". [image]
- Carlsberg Årsskrift 2003.Kjems, J. & Besenbacher,
F. "Nanoteknologi". [image1]
[image2]
- Novo Nordisk Årsskrift 2003. Langer, J. W. "Hallas-Møller
Stipendium 2003. Udforsker genernes 'stik-i-rend dreng'".
[image]
- Novo Nordisk Årsskrift 2003.XX, X. "Stipendium
2003. XX". [image]
- Aktuel Naturvidenskab nr. 6, 2003 Bostrup, L. "Maren
og myrerne", [image].
- PhD Thesis Huthof, H. , 2003 [image].
- PhD Thesis Poulsen, H., 2003 [image].
- Aktuel Naturvidenskab nr. 5, 2003. Hansen, N. "Når
journalisten ringer ...", [image]
[pdf].
- Aktuel Naturvidenskab nr. 4, 2003. Sand-Jensen, K., Kjaer,
C. R., Dahlgaard, J. "Ud af osteklokken", [image]
[pdf].
- Aktuel Naturvidenskab no. 2, 2003 Nejsum, P., Prag, J."Parasit
på afveje - spolorm fra svin smitter mennesker".
[image] [pdf].
- Molecular Cell 11(5): 1129-38. Jensen, T. H., K. Dower, et
al.
"Early Formation of mRNP. License for Export or Quality
Control?"
[PubMed] [image]
- Nature Structural Biology 10(1): 10-2. Jensen, T. H. and
M. Rosbash. "Co-transcriptional monitoring of mRNP formation."
[PubMed] [image]
|
|
